A jakartai repülőtér három terminált üzemeltet:
- Terminal 1: csak a Citilik, a Batik Air, a Transnusa és a Lion Air egyes járatainak belföldi járatait kezeli,
- 2. terminál: az Air Asia, Asiana Airlines, Batik Air, Cathay Pacific, Cebu Pacific, Etihad, EVA Air, Malaysia Airlines, Malindo Air, Philippine Airlines, Qantas, Qatar, Royal Brunei, SriLankan és Turkish Airlines nemzetközi járatait, valamint az Air Asia, Nam Air, Sriwijaya Air és a Lion Air egyes belföldi járatait bonyolítja le,
- 3. terminál: a Garuda összes (belföldi és nemzetközi) járata + csak az Air China, ANA, China Airlines, China Southern Airlines, Citilink, Emirates, Ethiopian Airlines, Japan Airlines, Jetstar, KLM, Korean Air, Oman Air, Saudia, Scoot, Singapore Airlines, THAI, Vietnam Airlines és Xiamen Air nemzetközi járatai.
A terminálok között ingyenes reptéri busz és automata vonat közlekedik, körülbelül 10 percenként.
Mivel nagy valószínűséggel két nem egymást követő járat között kell átszállnia, ajánlott legalább 3 órát hagyni a csatlakozó járatokra.