A hivatalosan Nikosz Kazantzakiszról elnevezett repülőtér Kréta legnagyobb repülőtere. A nyári szezonban számos charterjárat használja, míg a többi időszakban főként Athénból és más görög városokból érkező járatok közlekednek rajta.

A heraklioni repülőtér első ránézésre eléggé régimódi, és a kényelem nem nagyon felel meg a jelenlegi működésnek.

2017-ben végleges döntés született egy új, modern repülőtér építéséről, a befejezés időpontja folyamatosan tolódik, jelenleg 2026 végén/ 2027 elején várható a megnyitás.

Alternatívaként a chaniai repülőtérről lehet utazni Kréta nyugati részére.

Áprilistól októberig a repülőtéren számos légitársaság közlekedik Európa minden részéből, menetrend szerinti és charterjáratokkal a kontinens minden szegletébe.

A legkiterjedtebb útvonalhálózatot Heraklionból a következő légitársaságok üzemeltetik:

• Aegean Airlines: egész évben naponta többször közlekedik Athénba + nyári szezonális közvetlen járatok egész Európába.
• Sky Express: egész évben Athénba, Thesszalonikibe és más görög szigetekre + nyári szezonális közvetlen járatok egész Európába.
• Jet2.com: a leggyakoribb járat számos brit városba.
• Eurowings: járatok számos német városba
• Volotea: közvetlen járatok Athénba, Olaszországba és Franciaországba.
• TUI: kiterjedt járatok az Egyesült Királyságba, Hollandiába, Belgiumba és Németországba.
• easyJet: járatok számos brit városba, Franciaországba és Svájcba.
• Wizz Air: menetrend szerinti járatok Kelet-Európába
• Ryanair: a többiekhez képest viszonylag korlátozott számú járat, például Bergamóba, Bécsbe, Berlinbe vagy Brüsszelbe.