A repülőtér, amelyet hivatalosan Nikos Kazantzakisról neveztek el, Kréta legnagyobb repülőtere. A nyári szezonban számos charterjáratot fogad, az év többi részében pedig főként Athénból és más görög városokból érkező járatok szolgálják ki.

Első ránézésre az iraklioni repülőtér meglehetősen elavultnak tűnik, és létesítményei már nem igazán felelnek meg a modern üzemeltetési követelményeknek.

2017-ben végleges döntés született egy új, modern repülőtér építéséről; a befejezés időpontját többször is elhalasztották, és jelenleg a tervek szerint 2026 és 2027 fordulóján nyílik meg.

Nyugat-Kréta felé utazók számára a Haniá repülőtér jelenthet jó alternatívát.

Áprilistól októberig a repülőtér számos európai légitársaság járatát fogadja, amelyek menetrend szerinti és charterjáratokkal a kontinens minden szegletébe repülnek.

Heraklionból a legkiterjedtebb útvonalhálózatot a következő légitársaságok üzemeltetik:

• Aegean Airlines: egész évben naponta többször közlekedő járatok Athénba + nyári szezonális közvetlen járatok egész Európába
• Sky Express: egész évben járatok Athénba, Thesszalonikibe és más görög szigetekre + nyári szezonális közvetlen járatok Európa-szerte
• Jet2.com: a leggyakoribb járatok számos brit városba
• Eurowings: járatok számos német városba
• Volotea: közvetlen járatok Athénba, Olaszországba és Franciaországba
• TUI: kiterjedt járatkapcsolatok az Egyesült Királyságba, Hollandiába, Belgiumba és Németországba
• easyJet: járatok számos brit városba, Franciaországba és Svájcba
• Wizz Air: rendszeres járatok Kelet-Európába
• Ryanair: más légitársaságokhoz képest viszonylag korlátozott számú járat, pl. Bergamóba, Bécsbe, Berlinbe vagy Brüsszelbe